卞敦字仲仁。父俊，清真有检识，以名理著称。其乡人傲郤诜恃才陵傲俊兄弟，俊等亦以门盛轻诜，相视如仇。诜以杨骏故吏被系，俊时为尚书郎，案其狱，诜惧不免，俊平心断决正之，诜卒以免，而犹不悛。后为左丞，复奏陷卞氏。俊历位汝南相、廷尉卿。

敦弱冠仕州郡，辟司空府，稍迁太子舍人、尚书郎，朝士多称之。东海王越闻，召以为主簿。王弥逼洛，敦及胡毋辅之劝越击王弥，而王衍、潘滔共执不听，敦庭争苦至，众咸壮之。出补汝南内史。元帝之为镇东，请为军谘祭酒，不就。征南将军山简以为司马。寻而王如、杜曾相继为乱，简乃使敦监沔北七郡军事、振威将军、领江夏相，戍夏口。敦攻讨沔中皆平。既而杜弢寇湘中，加敦征讨大都督。伐弢有功，赐爵安陵亭侯。镇东大将军王敦请为军司。

中兴建，拜太子左卫率。时石勒侵逼淮泗，帝备求良将可以式遏边境者，公卿举敦，除征虏将军、徐州刺史，镇泗口。及勒寇彭城，敦自度力不能支，与征北将军王邃退保盱眙，贼势遂张，淮北诸郡多为所陷，竟以畏懦贬秩三等，为鹰扬将军。征拜大司农。王敦表为征虏将军、都督石头军事。明帝之讨王敦也。以为镇南将军、假节。事平，更拜尚书，以功封益阳侯。徙光禄勋，出为都督安南将军、湘州刺史、假节。寻进征南将军，固辞不拜。

苏峻反，温峤、庾亮移檄征镇同赴京师。敦拥兵不下，又不给军粮，唯遣督护荀璲领数百人随大军而已。时朝野莫不怪叹，独陶侃亦切齿忿之。峻平，侃奏敦阻军顾望，不赴国难，无大臣之节，请槛车收付廷尉。丞相王导以丧乱之后宜加宽宥转安南将军、广州刺史。病不之职。征为光禄大夫，领少府。敦既不讨苏峻，常怀愧耻，名论自此亏矣。寻以忧卒，追赠本官，加散骑常侍，谥曰敬。子滔嗣。